【MyGoNew方暮晨/綜合報導】針對近來台北市政府屢要求交通部償還捷運新莊蘆洲線台北市政府代墊之百億元自償性經費，交通部2015年3月6日澄清，行政院1998年7月15日核定之新莊蘆洲線財務計畫及行政院歷次核示事項明定，自償性財源由台北市政府暫代辦理貸款並負擔建設期利息，完工後營運時由營運單位償還此項貸款之本金及剩餘期間利息，此即台北市政府僅係擔任資金籌措之平台，並非實際負擔自償性經費，最終仍由營運單位負擔。
 
除此之外，考量本計畫完工後由台北捷運公司營運，行政院業於2002年1月10日指定由台北市政府擔任統一籌措自償性經費之平台，並俟營運通車後再由台北捷運營運收入償付該府。
 
交通部強調，所謂建設計畫的自償性經費係指計畫營運後的票收收入及聯合開發收益，由營運單位償付，捷運新蘆線已於2013年6月全線通車營運，票收收入持續由負責營運的台北捷運公司收取，至土地開發收益則由負責開發之台北市政府土地開發基金收取。因此本案之自償性經費，自當由獲取自償性財源之台北捷運公司及台北市政府，儘速依行政院所核定之財務計畫規定，負償付之責，爰並無交通部須歸還台北市政府代墊款的問題。
 
由於本案已進入行政訴訟階段，因中央與地方見解不同，交通部將配合台北高等行政法院審理過程並待判決結果再妥為因應。